primeiro verifica os parametros da água, pois podes ter uma "acidose" para isso tens que corrigir o ph e o kh. depois é só manter boa água adicionando algum produto para o efeito. 
caso os parametros estejam correctos só tens mais duas hipóteses. 
*se as manchas forem muito brancas e debaixo da pele, então é uma infecção bacteriana ( tens de usar baktopur direct ou algo semelhante) 
*se forem tipo nódulos esbranquiçados na menbrana mucosa ou então pequenas areas de pele descoloridas e perda de apetite ( usas então ectopur+costapur ou algo equivalente) 
eu não sou nenhum perito na matéria e tudo o que sei foi a ler muito aqui no forum. 
por aquilo que descreves, se não for dos parametros da agua é a treceira hipótese. 
eu falei nestes produtos desta marca por serem faceis de encontrar. 
agora deixa os peritos se pronunciarem-se sobre o assunto. 
boa sorte