Olá e bem vindo.
Não esquecer de colocar fotos de todo o procedimento caso avances com a ideia, que digo-te já que me parece boa, se bem que poderá existir alguma dificuldade nomeadamente na posição do filtro:
a) Se colocas perto da linha de água, para que o CO2 possa sair mais rapidamente sem se dissolver na coluna de água durante o periodo da noite (luzes apagadas) quando estiver a funcionar o CO2 irá se perder mais rapidamente ou não?;
b) Ou colocar no fundo do aqua, para quando o mesmo está em funcionamento, existindo sempre a possibilidade do CO2 continuar a se dissolver na água, uma vez precisará de mais tempo para sair do aqua, podendo mesmo dissolver-se na água;
Acho que o problema passará mesmo por aí no sentido de se querer um sistema completamente autonomo.
Mas nada como experimentar não é?
Bom DIY