1 - o aquario deve ficar com toda a base apoiada e deves usar, como disseste, uma base de esferovite que ajudar a acomodar o vidro e quebra a perda de calor.
2 - Usa a mesma altura de substrato fertil mesmo onde vais fazer montanhas, nos vales mantém no minimo os 4 cm. As raizes não precisam de estar no meio do substrato fertil para obterem nutrientes.(também varia de planta para planta mas as de fácial manutençao aguentam-se bem)
3 - A vantagem é que com o tempo as montanhas transformam-se em planicies, quer por acção dos peixes quer pela gravidade e pelas limpezas que fazes. As meias ajudam a segurar o substrato, Algusn colocam placas finas de plástico para o mesmo efeito.
4 - Para esse tipo de plantas eu não usaria nada. Vai ao site da tropica que eles tem lá um guia muito interessante para iniciar o aquario.