a bomba do eheim é melhor e, em teoria e a longo prazo, notas a melhor qualidade de construção do eheim.
Quanto mais espaço para matérias filtrantes melhor mas isso também depende muito das matérias filtrantes que vais lá colocar. Segundo a informação dos fabricantes, precisas de 2x mais jbl micromec para teres o mesmo efeito do eheim substrat pro.
relativamente ao fluxo, tudo depende também do que queres colocar no aquário. se quiseres peixes de águas paradas não vais colocar um filtro com muito fluxo e vice-versa.