Calma, calma... 
Não queiras resolver os problemas todos ao mesmo tempo, porque assim podes acabar por criar novos problemas! 
Neste momento estás a atacar as cianobactérias. 
Concentra-te nisso! 
Vai controlando a amónia, faz TPAs com aspiração de detritos e algas, pelo menos uma vez por dia, cerca de 30%. Mantém as outras rotinas (iluminação e fertilização). è importante que manatenhas sempre os valores dos nutrientes dentro dos valores recomendados. 
Se tinhas o aqua muito afectado, podes prolongar o tratamento por mais um dia que o teoricamente necessário... depois, faz uma TPA de 50% (ou +), coloca carvão activado no filtro, adiciona um activador de bactérias e espera uns 4 ou 5 dias (sempre monotirizando a amónia/amoníaco). 
Então sim, o problema das ciano estará resolvido e então sim, é tempo de atacar outro(s) problema(s)... 
Neste momento, quanto menos "mexeres", melhor. 
A limpeza de outro tipo de algas é outra "batalha". Não lutes em duas frentes, a não ser que saibas muito bem o que estás a fazer. 
Eu também pensei que talvez fosse melhor desmontar o meu aqua e recomeçar do zero, mas afinal depois ficou mais lindo do que alguma vez havia estado! 
Tem calma que tudo irá correr bem.