Podem ser ou não. Depende da salinidade. São as flutuações de salinidade (choque osmótico que são importantes). As do pH não são assim tão importantes como nos fazem crer...
E vou-te explicar com um exemplo figurativo:
o pH mede o racio entre cargas H+ e OH- (também há o pOH que é o inverso).
No caso de águas moles tens poucas cargas
H+ = 5
OH- = 5
racio = 0 (seria o equivalente a um pH 7)
No caso de águas moles tens muitas cargas
H+ = 500
OH- = 500
racio = 0 (seria também equivalente a um pH7)
Agora imagina que injectas CO2 e introduzes 5 cargas H+
No caso das águas moles ficas com
H+ = 10
OH- = 5
racio = 2
No caso das águas moles ficas com
H+ = 505
OH- = 500
racio = 1.01
Como vês, no primeiro caso (águas moles) houve um aumento de 200% do racio (pH). No segundo, exactamente a mesma quantidade de cargas, apenas causou o aumento de 1% do racio (pH).
Por isto é que o pH flutua tanto com águas moles. Mas também é por esta razão que não tem qualquer consequência. São apenas mais uma poucas cargas de diferença. Já no caso de águas duras, uma grande flutuação do pH tem que estar necessáriamente a grandes alterações de cargas (salinidade). Não é problemático por si, mas a fauna sofre devido à diferença de salinidade que afecta a osmoregulação dos animais.