Acho que pode ter haver com o período em que o aquário ficou sem manutenção. Mas pareces já ter identificado o problema, e na última imagem parece-me resolvido. Agora é estar atento para ver se aparece outra vez. A ideia de limpar e depois subir o CO2 deve ter haver com a tentativa das plantas começarem a consumir mais nutrientes e, se assim for, também deves ter atenção à fertilização. Um produto muito porreiro que eu uso (para além do Carbo) é o APT Fix... têm-me ajudado bastante a reduzir as algas que tenho no meu tanque e a prevenir o aparecimento de outras. Se soubesse que era tão bom, tinha começado a utilizar desde o início. No teu lugar, também começava a fazer mais mudanças de água, até a coisa estabilizar.