Boas,
deixo aqui um texto de um user deste site, que penso que tirará as duvidas e que inclusivé já foi usado noutro tópico sobre tratar troncos.
Explica bem o processo todo desde a escolha e a secagem (pelo qual já passaste) até ao tratamento.
"Nada como experimentares
Apanhas as raizes que gostas, deixas secar bem, depois de bem secas metes dentro de água com um peso em cima para afundar, vais fazendo várias trocas de água. Ferves e tentas limpar tudo o que te pareça que se vá soltar do tronco mais tarde. Voltas a colocar dentro de água e a fazer trocas de água durante +/-3 semanas. Retiras novamente para ferver e voltas a afundar, mas desta vez colocas em água salgada durante +/- 2 semanas. Depois voltas a ferver e lavas bem em água doce. Se durante este processo todo não se tiver começado a desfazer ou a ganhar bolor, fazes um teste. Tiras um pouco do tronco e colocas num aquário pequeno com água do aquário onde queres meter o tronco e um peixe. Sei que não se deve fazer testes em animais, mas é mais facil de ajudar um peixe que todos os habitantes do aquário, caso o tronco liberte alguma substância toxica.
Tenta ver que arvores ou arbustos estão perto do buraco." - texto de João Abóbora
Espero que o João Abóbora não se importe de o ter citado