Viva Diogo,
Tens aí um belo aquário para uns Happs :D
Também me parece que essa circulação é um pouco excessiva... Quanto aos SCWD´s, não sei se serão benéficos. O mais comum em água doce é utilizar uma corrente contínua, em vez de alternada.
Não há nada como experimentares o sistema que tens (sem captação de água no fundo do aquário e com correntes alternadas) para veres se consegues uma boa filtragem mecânica. Se a sump tem divisória de quebra-bolhas, esta chega para a parte mecânica: um saco no tubo de escoamento (como os que se usam nos salgados) e lã de vidro ou umas esponjas. A parte biológica é com te disse João.
No teu caso, e já tendo um refúgio montado, não deixaria de o usar (com iluminação em contra-ciclo). Sempre serve para o crescimento de alevins ou para isolar um peixe rufia ou maltratado. No caso de ser necessário usá-lo para tratamento de doenças, basta desligálo do sistema principal (se tiveres uma esponja de um filtro interno sempre na sump, tens um filtro pronto a usar em qualquer altura.
Boa sorte para o projecto.