Com essa luz é de optar por um lowtech, com plantas de pouca exigência.
Se optares por não colocar substrato fértil, compra umas pastilhas de substrato para colocar ao pé das raízes das plantas no inicio e segue uma boa fertilização líquida com micro e macro nutrientes.
Quanto ao layout parece-me interessante.
Aconselho-te a definires como vais fazer a transição dos dois tipos de areão porque se não ficar bem delimitado eles vão juntar-se.
Quanto às plantas, realmente eu também colocava musgo de java nesse tronco. E, nesse caso, deveria ser já no inicio porque depois vais ter mais dificuldade uma vez que o musgo tem de ser preso com fio ao tronco.
Também colocava umas anúbias nana no tronco.
E talvez uma moiteira de uma planta vermelha, como a Rotala rotundifolia, para fazer contraste com o verde das restantes.
Mas isto são gostos pessoais.
Quanto à fauna, realmente é melhor esperar para ver os parâmetros da água estabilizada e depois escolher consoante as necessidades da fauna.
Não esqueças que uma equipa de limpeza é essêncial (corydoras, otos (ou SAE ou CAE, uns "lagostins" e umas "caracoletas" !
Boa sorte no projecto!