Eu meti-a no novo filtro as matérias filtrantes do antigo (sem lavar), ou então a funcionar uns tempos (uma ou duas semanas) dentro do aquário já montado, depois retirava os peixes para um saco com água do aquário, mudava a água de aquário, ambientava/mudava os peixes, depois acrescentava lentamente uns 10 lts de água, e depois +ou-10l por semana, até ficar cheio, começava então com as tpa`s normais. Acho que pelo que tenho lido no Forum, seria um possível procedimento correcto a tomar, mas os entendidos vão-te ajudar!
Abraço!