Eu apesar de ter três discuss num aquario de 200 Ltrs com mais alguma fauna e flora abundante, faço a limpeza de filtros +- de dois em dois meses, e quando a faço, tenho o cuidado de os lavar com agua corrente à temperatura ambiente e nunca com agua quente, pois isso é que mataria as bactérias, tento no entanto limpar o mais possível as esponjas, tendo o cuidado de não limpar na perfeição as cerâmicas mas deixar alguma sujeira aparente.
Na minha opinião de NOOB lavar o filtro com a agua do aquario é o mais acertado, mas se tivermos os necessários cuidados para não efectuar uma limpeza demasiado radical ou com agua quente, dos filtros, pode ser uma boa maneira de evitar-mos mais trabalhos, estando é claro o aquário já maduro (estabilizado).