Angela,
É preciso muito cuidado com as aiptasias, já que quando as desfazemos dentro de água, cada bocadinho acaba por dar origem a uma nova aiptasia.
Quanto às que vêm metidas no meio dos zoanthus, são ainda mais difíceis e é provável que voltem a aparecer se não lhes der um tratamento radical.
Eu faria o seguinte: tirava a pedra com os zoanthus fora de água e tentaria remover (desfazer) completamente as aiptasias com o bico de uma faca ,ou melhor ainda com um ferro de soldar, ou outro em brasa; claro que vão também morrer algumas cabeças de zoathus, mas numa semana eles recuperam.
Aconselho ainda muito cuidado em futuras compras para não voltar a introduzir pragas no aquário e a compra imediata de dois camarões seticaudatas, pois estes camarões comem normalmente aiptasias, desde que não sejam muito grandes e previnem que as pequenas, resultantes da multiplicação das adultas, se fixem nos aquários; convém depois da introdução dos camarões, não alimentar o aquário durante dois/três dias para os obrigar a ir às aiptasias (os peixes aguentam bem sem comer).
Quanto às bolinhas verdes, se são alga valónia, serão outro problema.
Primeiro, não rebentar as bolhas dentro do aquário, pois estão cheias de esporos que se irão espalhar pelo aquário.
Tentar remover sem rebentar e tentar arranjar um predador natural, como por exemplo um caranguejo mitrax, que habitualmente comem valónia.
Abraço