Vamos por partes, senão é muito difícil alguém ajudar-te com alguma seriedade. 
1º - Só tens guppies no aquário? Se não, que outras espécies tens? Podes ter espécies incompatíveis com os teus peixes. 
2º - Qual o tamanho e à quanto tempo tens esse aquário montado? Se o tens à pouco tempo pode ter a ver com o ciclo do azoto. 
3º - Quais os valores químicos relevantes da agua: Nomeadamente temperatura, pH, Amónia, Nitritos e Nitratos. 
  
  
  
Posto isto, que espero que respondas ao máximo que possas, vai a minha ideia: 
  
Como é mal generalizado vou para algum problema na agua... contudo sem saber mais é pura e simplesmente estar a adivinhar... 
  
  
Abraço