Boas,
Simaox7 - Nunca tive nenhum tipo de algas que estamos a falar mas, segundo sei, as algas castanhas são compostas de organismos multicelulares e as cianobactérias são organismos unicelulares. São diferentes.
CBR1100 - Em aquário, que eu saiba as algas castanhas aparecem devido a excesso de fosfatos (neste caso é mais um teste que deves fazer também) aliados a iluminação fraca e falta de plantas. As cianobactérias são mais difíceis de erradicar ou controlar. São necessários "apagões" de alguns dias e utilização de antibióticos aliados à paciência de se ir aspirando minuciosamente o fundo para retirar manualmente o máximo possível. Eu recomendo-te em primeiro lugar identificares que algas tens, depois limpar o melhor possível o aquário (aspirações e remoções manuais), colocar plantas naturais de crescimento rápido, fazer um "upgrade" à iluminação, colocar CO2 (se ainda não tiveres, nem que seja mistura caseira), medires nitratos e fosfatos e manteres a relação precisa de 10 ppm de NO3 para 1 ppm de PO4.
Relativamente à morte dos peixes, a amónia é com certeza a causa. O filtro deve ser lavado só quando realmente se justifica e sempre com água retirada do aquário (nunca da torneira). As matérias filtrantes devem ser substituídas ocasionalmente e poucas de cada vez (por exemplo hoje substituo uma esponja e daqui a dois meses substituo outra) e, na minha opinião, só se substitui se realmente não houver forma de lavar. Enquanto tiveres amónia e nitritos superiores a zero, a única solução para controlares é fazeres TPA's até que o aquário estabilize o ciclo.