Boas,
se fizeres ym furo no tubo, o filtro não vai ter força suficiente para puxar a agua, e só ias estragar a mangueira.
em relação ao filtro ter ar dentro dele, não faz lá muito bem, porque como não tem força suficiente para sugar a agua, vai trabalhar em seco e arriscaste a queimar o motor :D e é um barulho incrivel...(eu já experimentei)...
Quanto ao oxigenio, mete a mangueira de saida, um pouco acima da superficie da agua, não muito para não stressar muito os peixes.
Espero ter ajudado