Para já, bem vindo ao Fórum!
Pelo que percebi, montaste o aquário à pouco tempo. Para te podermos ajudar, era bom, para iniciar, que relatasses quais os procedimentos que executas-te desde a montagem e quais os materiais de filtragem que manténs.
Um aquário quando está ciclado e com a filtragem biológica a funcionar, ou seja, a colónia de bactérias está instalada e a alimentar-se, dificilmente tem picos de amónia. Pode, eventualmente, ter picos de nitritos, mas em baixa escala.
A amónia e os nitritos são eliminados pela colónia de bactérias, designada globalmente por filtragem biológica. Quando estes não estão a ser eliminados e, quando presentes, tendem a aumentar, é sinónimo que a filtragem biológica não está a funcionar.
A filtragem biológica tem como produto final os Nitratos, que não sendo tão tóxicos como a Amónia e Nitritos, em excesso, podem provocar danos no sistema do aquário e levar à morte de alguns peixes mais frágeis. Para eliminar os Nitratos, a meu ver à dois grandes escoamentos, ou TPAs (Trocas Parciais de Água) ou plantas de alto consumo.
Espero que tenha sido elucidativo