Se tiraraste um tronco e ele couber dentro do autoclismo é o melhor local para o colocar. Várias mudas de água "automáticas" e sem aumento de custos.
No aquário vai fazendo TPA's que isso um dia desaparece.
A libertação de taninos dá essa tonalidade à água mas não faz mal aos peixes e até deixa a água mais macia.
Em relação ao ciclo, já foi respondido mas, se achas que já está apto para receber fauna, coloca apenas UM peixe e vê o que acontece. Se passados 2/3 dias estiver tudo bem, vai colocando um a um de 2 em 2 dias. Se colocares vários, o teu ecossistema vai-se alterar e poderão morrer todos.
Espero ter ajudado.
Cumps.