Boas
Esta é a meu ver uma das questões principais quando nos iniciamos na aquariofilia. Depois de termos algum dominio sobre a mesma, acaba por ser só um motivo de atenção... mas vamos lá...
Pensa em amónia, nitritos e nitratos como os "restos" do teu aquário. Basicamente são compostos quimicos que vão sendo "transformados" uns nos outros por acção das bactérias que tens no filtro.
Os restos de comida, de plantas, raizes podres, peixe morto, urina e fezes dos peixes, enfim, tudo aquilo para o qual a natureza tem resposta, no aquário resolvemos por intermédio dos filtros e sempre que possivel com plantas.
Resumidamente: A amónia (tóxica para os peixes) é o resultado dos excendentes de todo o ecossistema que temos (não sei exactamente como, é uma questão quimica), esta por sua vez é quebrada pelas colónias de bactérias nos filtros e transformada em nitritos (tóxico para os peixes) que é novamente quebrado em nitratos (tóxico para peixes novos quando em quantidades elevadas).
Penso que o nome deste ciclo é ciclo do azoto e resume-se a Amónia->Nitritos->Nitratos.
As plantas alimentam-se de tudo isto também, umas mais, outras menos, mas adoram nitratos, fechando o ciclo. Logo é de todo conveniente ter plantas e muitas!
Espero ter elucidado o suficiente embora não seja uma explicação muito técnico-quimica.
Vlad!