olá!
sim, o O2 pode eventualmente matar algumas bacterias anaeróbicas, mas não serão todas, e se tens bacterias anaeróbicas na coluna de água é porque alguma coisa está mal no teu aquário, o O2 em si não faz grande coisa, mas sim o H2O2, porque é um peróxido, e os peróxidos degradam certas muléculas e certas ligações entre os tecidos das algas e das bacterias, coisa que não fazem em peixes, plantas, camarões e outros animais.
só mais um conselho: usa o H2O2 durante a noite, pois a luz degrada peróxidos muito facilmente.
abraços!