Sim, convém sempre ferver os troncos.
No meu caso, não tinha recipiente para meter os troncos a ferver, meti-os num balde grande e adicionei um pacote de sal e deixei ficar durante uma semana, depois mudei a agua diariamente durante 2 semanas e mesmo assim a agua continuou a ficar cor de chá, mas se é para peixes do rio amazónico é o ideal.
Fazer as TPA's com agua engarrafada é pouco viável € em aquários grandes...mais vale esperares uns tempos que o ph desce garantidamente, aliás, se te distrais muito esquecendo as mudas de agua, até corres o risco de ficar com a agua demasiado acida levando à morte dos peixes.