Boas taiko, as bactérias não se encontram na água, mas sim nas matérias filtrantes do filtro, no substrato etc... Por passares alguma água não vai mudar nada.
Se queres acelerar o ciclo compra bactérias numa loja e metes nas matérias filtrantes dentro do filtro
Em relação ao tronco,com o tempo isso passa. Podes colocar ancistrus que comem isso é não faz mal as plantas.
Em relação à comida congelada, depende do número de peixes. Faz o teste, das um cubo completo e se achares que é comida a mais, começas a dar metade dum cubo. Eu dou artemia congelada e blood worms congelado de forma alternada dia sim dia não, e vou dando flocos, granulado. Atualmente não tenho muitos peixes, 7 rasboras, 1 ancistrus, 2 totos, 2 ramirezi e 5 corydoras