Oi
Juntar substracto (entenda-se, substracto fértil, adubo, etc) depois de teres o aquário cheio julgo que não será possível... ou pelo menos não será nada fácil porque normalmente essas substancias são muito leves e flutuariam, deixando-te a água toda suja... é por isso que se colocam por debaixo de uma boa camada de areão.
Mas não sei, até pode ser que haja uma maneira...
Se o que queres é fertilizar as plantas podes usar fertilizantes liquidos ou em pastilhas (que se enterram junto ás raizes)
Segundo alguns tópico que li é possível ter um areão fértil sem usar esses substratos fertilizantes... teoricamente basta que o areão esteja algo sujo, com restos de folhas secas e tal...
Procura por esse tema no fórum que encontras vários tópicos onde se fala disso!