João,
Proponho o seguinte:
Porque não um re-scape?
Tiras 80% da água para um balde, com a fauna lá para dentro.
Os restantes 20% vais aspirar as algas e tudo o que deve ser aspirado.
Tiras as plantas e pedras, tiras as algas todas e voltas a montar e plantar.
Dá trabalho? Acredito que sim, mas por vezes é preciso intervimos de uma maneira drástica..
No fim colocas os 70% ou 80% de água de volta e metes água nova, como se de uma tpa se tratasse.