Olá Vlad,
Vamos por partes:
A questão é: será que o problema foi totalmente resolvido? Não haverá outro factor a provocar o aumento de nitritos? convém lembrar que as bactérias nitrificantes não estão apenas nas cerâmicas mas em todos os objectos do aquário onde se possam agarrar. A lavagem das cerâmicas com água do aquário deveria libertar alguns dos poros permitindo nova fixação de bactérias. Ainda que não voltassem a ficar como novas, deveria permitir que uma nova colónia se instalasse...
Uma limpeza a fundo (fervura) das matérias filtrantes biológicas deve ser feita parcialmente para, como tu dizes, não se perder toda a colónia. Mesmo os cilindros não porosos permitem a fixação de algumas bactérias, efectuando uma filtragem bio-mecânica (como fazem as esponjas).
Se todas a cerâmicas que tens forem porosas, talvez devesses ferver um terço destas todos os meses, começando por aquelas que estão mais sujas (as bio-mecânicas).
No entanto, acho que deverias equacionar outros factores que podem estar a provocar esse problema com os nitritos (algo que tenha destruido toda a colónia e esta ainda não se reconstituiu, algo morto no aqua ou areão muito sujo, filtragem insuficiente para o tamanho do aquário ou para carga biológica que este contenha, muito cloro na água...etc.)