Montar tudo de novo é um bocado radical eu acho..
Até porque esses parazitas intestinais estão quase sempre presentes nos peixes só que em pequenas quantidades, e começam-se a multiplicar quando os peixes tem o sistema imunitario em baixo (stress por exemplo).. Apanhares os peixes, lavares aquilo tudo, meteres os peixes la outra vez e depois faze-los passar pelos problemas de amonia e nitritos outra vez vai deixa-los mais stressados ainda e possivelmente piorar o seu estado..
Se os nitritos estão a baixar é porque o filtro já está a estabilizar! E os discus a comer também porque facilita o tratamento.
Eu não percebo assim muito de tratamentos por não sou a melhor pessoal para te aconcelhar nisso :S
Só sei do metronidazol para as desparazitacões intestinais.. É o que tenho cá em casa para o caso de vir a ter problemas..
Abraço