Obrigado a todos pelos vossos comentarios.
De facto a madeira vai apodrecendo, mas não da forma tão rapida, eu diria que as raizes com os seus 2 a 3 mm de espessura apodreceram em 1 ano após estarem debaixo de agua, mas também julgo ter sido o facto de não me ter dedicado mesmo muito ao tratamento das raizes pois estavam eram raizes que ja se encontravam cortadas a bem mais de 1 ano e estavam completamente secas.
Quando se fala em raizes de pinheiro todos pensam que é um erro a sua utilização, mas como experiencia nesses aquario já lá passaram e mantive: espadas, guppies, camarões (red cherry), ampularias, varias especies de corys, Micropoecilia branneri, e logo no inicio reproduzi ali, platys e guppies, e sem qualquer morte, infecção.
Mas no entanto, não posso dizer que isto seja sempre assim. Pois a utilização de este tipo de madeiras (Raizes), pode ter algum risco, se a madeira não for convenientemente tratada.
Vou tentar actualizar o topico.
Obrigado mais uma vez