Olá
João, na minha opinião não se deve nenhum tratamento no aquário principal!!!(excepção feita á via oral).
No caso do flagyl o próprio medicamento,em humanos perde o efeito em 3h por isso, no caso de não ser a via oral de tratamento,o seu uso num aquário com filtro biológico não é de bom senso ,porque além de mais caro, dificulta as tracas parciais essênciais ao tratamento!!!
Além de que o próprio medicamento tem no seu excipiente compostos nitrogenados que aumentarão os nitratos sem dúvida, e no caso de haver falha na biologia do aqua,os nitritos podendo ser fatal a um peixe debilitado, com a intoxicação por amónia.
O uso de aquário hospital é essencial!!!
Se podem não prescindam!!!
Abraço