Os filtros externos são melhores por várias razões:
1º Não roubam espaço/litros ao aquário, ficando mais espaço para os peixes.
2º Por norma, são mais eficazes
3º Um filtro interno tens de limpar todas as semanas, já um externo, uma vez por mês ou até mais tempo.
4º Por norma, são mais fáceis de limpar e práticos
5º Fica mais bonito sem teres lá um aparelho dentro do aquário, já chega o termostato.
Fontes: Pesquisas que tenho feito por todo lado, incluindo este forum. Também sou iniciante, só me falta escolher um aquário, mas ando a estudar