Bom dia Fabio se estas a falar de fértil Tens que tirar sim senhor. .. se for inerte uma pequena quantidade podes por sem tirar os peixes, mas se queres o aquário todo, vãos ter que tirar os peixes todos mas não a crise.
Fazes assim, pegas num alguidar limpo, que nao tenha resíduos tóxicos esvaziadas a água do aquário para lá, ligas o termostato, um filtro interno se tiveres, o resto da água do aquário fazes a mesma coisa, pões noutros alguidares. Faz isso a pelo menos 2/3 da agua, mudas o substrato e voltas a repor a água, mas faz isso no menor tempo possível.
Boa sorte