No meu caso tenho o seguinte:
Um aquário +- 100l, c filtro externo, e td o resto direitinho, c os meus peixes.
Outro aquário, 20l, que futuramente servirá de maternidade ou hospital, com filtro interno (sempre ligado), termostato (ligo 1 dia antes de por os peixes para por a temperatura como quero), iluminação, etc.
Neste aquário, aconselharam-me a fazer TPAs, mais espaçadas claro, para manter a qualidade da água aceitável.
Se passar mt tempo sem habitantes, podes ir colocando alguma comida para alimentares as bactérias que decompõem a amônia.
Assim, ficas c um aquário sempre pronto a receber a peixeirada, caso haja nascimentos ou uma emergência...
Aconselho vivamente a pesquisares este site http://faq.thekrib.com/pt/
Deves perceber como funciona a ciclagem de um aquário.
Se só colocares água qd vais utilizá-lo, as bactérias do filtro já não existem.