Boas,
Passei há pouco por uma situação como esta que apresentas e foi um sofrimento do caraças ate conseguir "limpar" essa "nhanha" castanha. Se queres que te diga nem sei qual foi a origem, mas suspeito altamente do tronco, pelo menos foi o originário dos primeiros fungos brancos (típicos dos troncos) e depois disso apareceu a "cabeleira" castanha. Outra suspeita que tive mas nunca confirmei, era do substrato fértil, não me admirava nada que fosse proveniente dai.
A forma de resolver isso foi com umas pinças (as mesmas que uso para plantar no aqua) retirar o máximo possível e ter o filtro sempre a bombar, com o tempo acaba por desaparecer.
Eu tenho um EHEIM 2213 e ao fim da 2ª semana tive de o abrir e limpar todo por dentro porque tinha toneladas dessa nhanha castanha e já nem tinha força para puxar a agua.
Sempre me disseram que isso era inofensivo para os peixes e para as plantas no entanto também reparei que as plantas que tinha começaram a ficar murchas e a apodrecer.
No total talvez tenham passado 3 ou 4 semanas desde que apareceu ate que desapareceu a nhanha castanha, o mais engraçado é que durante essas 4 semanas o ciclo nunca se produziu, mal essa porcaria castanha desapareceu, o aqua começou a ciclar e a partir dai foi tudo como manda a lei.
Resumindo, filtro a debitar a 100% e pinças a remover isso o máximo que conseguires, não te esqueças de ir limpando o filtro porque vai literalmente ficar entupido (as minhas esponjas azuis passaram a castanhas) no fim de isso desaparecer e do aqua ciclar, começas a meter peixes.
Tenho a certeza que há opiniões totalmente distintas, mas esta foi a forma como resolvi esta batalha altamente deprimente sem usar químicos nem produtos marados.
Saudinha da boa!