Possivelmente mataste
As bacterias nitirificantes não se alojam apenas no filtro, tb no areão, mas essencialmente no filtro. Contudo o melhor substrato para as bactérias se alojarem é porcelanas, dado que são purosas aumentam em muito o espaço onde estas se podem alojar e ficar retidas.
Uma esponja simples não é o local ideal para a colónia de bactérias se alojarem e qualquer alteração faz com que elas declinem rapidamente, por exemplo, paragem do filtro (oxigenação), temperatura (velocidade de multiplicação).
Ao retirares a esponja de dentro do filtro, mesmo lavando apenas com água do aquário, retiraste as bactérias dentro de água, o tempo necessário para que elas morressem e como não são muitas, pq a esponja não é o local ideal para elas viverem e a colónia é pouco populada, houve um declínio de numero de bactérias que permitiu a acumulação de amónia.
Para teres uma ideia, nos meus filtros tb tenho esponjas como tu, mas tenho sempre porcelanas, as esponjas lavo com água da torneira (sim eu sei que mato a colónia de bactérias), as porcelanas sempre com água do aquário como tu fizeste.
Acontece que quando eu retiro as porcelanas dentro do aqua, e apesar de ficarem ao ar algum tempo, como tenho bactérias a mais, mesmo que morram algumas não é problemático, no teu caso deve ter sido.
Por isso acho que a solução passa pelo que estás a fazer, como sabes que tens amónia, TPA's dia sim dia não, sempre regulando e vai introduzindo bactérias, pensava seriamente em comprar um filtro externo com maior espaço onde te permita colocar porcelanas dentro do filtro, já que as esponjas são tipicamente usadas para a Filtragem Mecânica, e não servem para a filtragem biológica.
PS: Gosto do teu aqua, está muito giro!! Especialmente os ramirezi