Olá,
Tendo em consideração a descrição que fazes, quase de certeza que foi uma morte massiva de bactérias. Nunca se muda completamente a água de um aquário!! No máximo, e apenas em casos de urgência, 50%.
Vê mais explicações aqui:
http://www.aquariofilia.net/forum/index.php?showtopic=148595&hl=%2Bmorte+%2Bmassiva+%2Bbact%E9rias#entry900114
http://www.aquariofilia.net/forum/index.php?showtopic=21377&hl=%2Bmorte+%2Bmassiva+%2Bbact%E9rias#entry148347
Ao colocares água nova, mataste todas as bactérias que já estavam instaladas no aquário. É por isso, que se deve mudar apenas 20 a 30% da água por semana ou de 15 em 15 dias.
Se lavares o filtro, também não o deves fazer com água da torneira, pois mais uma vez, vais matar as bactérias todas por causa cloro que está presente na água da torneira. Nestes casos, fazes uma mudança de 50%, e usas a água que tiras do aquário para lavar as peças do filtro. Podes também ter um outro filtro a trabalhar durante uns dias no mesmo aquário para ganhar bactérias, e depois lavar o filtro sujo mantendo o antigo a trabalhar. Assim que estiver tudo lavado, voltas a colocar o filtro a funcionar, e durante uns dias deixas ambos a trabalhar até a colónia de bactérias estar novamente instalada no filtro novo.
Vê por favor o ciclo do azoto, que está explicado aqui: http://www.aquariofilia.net/forum/index.php?showtopic=36380
Outra situação que deves prestar atenção é saberes exactamente que peixes tens e quais as suas características, pois o teu aquário é muito pequeno, e não deves manter peixes que não tenhas condições com o teu actual aquário.
Espero ter ajudado,
João Branquinho