Ena, tantos erros que eu cometia a pensar que estava a fazer tudo bem... 
Acho que posso concluir que tem a ver com a não troca semanal de X% de água, juntamente com alimentação excessiva e filtros ligados durante a alimentação, o que espalha a comida e suja a água. 
Penso que irei conseguir resolver a situação, com estas dicas. 
  
Só precisava de saber uma coisa, quando se faz a TPA, costuma-se deixar a água num alguidar/balde durante quanto tempo, antes de trocar? Ou pode-se fazer a TPA e juntar algum aditivo para manter um PH dentro duma margem, sem deixar a água "repousar" em algum recipiente primeiro? 
  
São peixes de variadas espécies. Nem sei bem quais, admito. Isto foi é mais chegar a uma loja de animais, olhar para peixes relativamente pequenos que gostasse e levar alguns. 
Infelizmente ou felizmente, não tenho tempo nem possibilidades nem espaço para algo mais do que um aquário destes. Se é para ter animais, prefiro tratá-los da melhor forma possível, logo mais vale este pouco, mas bem tratado, do que algo complexo e mal tratado... 
  
Obrigado a todos pela ajuda  
Um abraço e um bom ano a todos!