Boas
Não sendo um entendido no assunto, dou-te a minha opinião na mesma
Penso que se o vidro estiver bem colado à estrutura do aqua não há necessidade de o desmontares e basta pores o silicone na rachadela. Mas aí tens uma outra questão por resolver: pões do lado de fora ou de dentro.
Pessoalmente, e por experiência própria, acho que de dentro corres o risco de algum peixe ou mesmo camarão se entreter a "brincar" com o silicone e que comprometa a integridade do mesmo. Mas por outro lado, o lado de fora tem o inconveniente de ser menos estético.
Espera por um membro mais experiente que te possa aconselhar melhor
Cumprimentos