Sendo exactamente o mesmo filtro para o dobro do tamanho, duvido, especialmente estando tão densamente plantado. Além disso tinha outros problemas que o mais pequeno não tem, como por exemplo o in-flow não chegar nem a meio do aquário (dá para ver na foto). Com poucas plantas cira um fluxo circular que chega aos cantinhos.
Cada aquário tem uma biologia própria, por muita experiência que se tenha.
A quantidade e qualidade da comida, a temperatura, plantas, luz, volume de água, tudo isto vai ter influência directa ou indirecta no ciclo do azoto. O importante é ter paciência e ir testando a àgua para ver a sua evolução.
Limpar o filtro nesta altura seria um erro, vais perturbar o ciclo do azoto.
Testes de fita só uso mesmo se não houver mais nada disponível, como é o teu caso. Mas mesmo com os testes líquidos, só os uso para ver se há algum problema, sem olhar muito para os números.